もちろんあります。サポートの範囲に違いがありますし、物件の開発の得意・不得意も多少あるようです。
また、そのFCが立ち上げ間もないか、すでに何年もやっているかにも違いがあります。 立ち上げ間もない本部は一見するとNGに見えますが、実際は他のFCやメーカーをじっくりと研究し、初期の加盟店を絶対に損させない意気込みでやっているところもありますから、一概には言えません。
また、私共会計事務所の立場から言いますと、節税に対する感度の有無にも大きな違いを感じます。
同じ金額の見積でも、優遇税制が受けやすいものとそうでないものがあり、無頓着な事業者さんよりも、ここにも配慮できる業者さんの方が償却可能額は増える傾向にあります。
おすすめのFC本部はもちろんありますが、ここは特定の事業者さんを宣伝するページではありませんし、時期によっても異なるものですから、ご相談ください。